Иоханан Ратнер родился и вырос в ассимилированной еврейской семье, учился в гимназиях Одессы и Мангейма (Германия). Окончил Технологический институт в Карлсруэ (Германия) по специальности архитектура. С начала Первой мировой войны вернулся в Россию, служил штабным офицером в царской, а затем в Красной армии.
В 1923 г. приехал в Палестину, получил должность профессора в хайфском Технионе
В 1930—1963 гг. руководил архитектурным факультетом хайфского Техниона
В 1929 г. был членом хайфского комитета Хаганы в Эрэц-Исраэль, участвовал в отражении нападений арабских экстремистов на еврейские кварталы Иерусалима
В 1938—1939 гг. содействовал превращению разрозненных местных отрядов Хаганы в организованную сеть, подчиненную единому центральному командованию, которое он возглавлял
В годы Второй мировой войны осуществлял координацию действий руководства Хаганы и ишува с командованием британских сил на Ближнем Востоке
После создания Армии обороны Израиля был назначен в Генеральный штаб руководителем отдела планирования при чрезвычайном положении (в чине бригадного генерала)
