В качестве постоянного исполнительного и координирующего органа Содружества устав СНГ предусматривал создание Координационно – консультативного комитета (ККК) с местопребыванием в Минске. По решению глав правительств в 1994 г. ККК фактически был разделен на два органа:

• Исполнительный секретариат СНГ
• Межгосударственный экономический комитет СНГ

К ИС перешёл весь рабочий аппарат ККК, в то время как МЭК базировался на принципе коллегиального руководства (каждая страна направляла в МЭК определенное число своих представителей). В этом комитете проходили обсуждение и подготовка основной части решений по экономическим вопросам сотрудничества.

Но ИС и МЭК не предусматривались в уставе СНГ, что создавало некоторую правовую незавершенность организационной структуры Содружества. К тому же их функции не всегда были достаточно четко разграничены, что приводило к частому дублированию работы.

В апреле 1999 г. Совет глав государств принял решение о реорганизации структуры органов СНГ: ККК и МЭК преобразовывались в Экономический совет СНГ некоторыми изменениями функций, расширялись полномочия Исполнительного секретариата.