С 1985 года — артистка, а с 1989 года — солистка Мариинского театра. В театре продолжала занятия и готовила большинство партий в основном под руководством педагогов-репетиторов Ольги Моисеевой и Геннадия Селюцкого. Одну из первых главных партий в театре — Медору в балете «Корсар» — готовила под руководством Петра Гусева, занимавшегося восстановлением этого балета. Партию Мехменэ-Бану в балете «Легенда о любви» готовила под руководством Аллы Осипенко.
В послужном списке балерины Юлии Махалиной — около 60 балеринских партий в классических и современных балетах. За первые 8 сезонов в театре, до достижения статуса прима-балерины, она исполнила 17 ведущих партий, 10 из которых — в премьерах. Критики так отзывались о творчестве балерины:
Красота и выразительность движений, благородная удлинённость линий, прекрасные профессиональные данные, артистизм и редкое трудолюбие позволили танцовщице вскоре выдвинуться в ранг солисток. Махалина продемонстрировала свободное владение суперсовременной исполнительской техникой, стремительное вращение, незыблемый апломб. Балерине близки сильные, волевые характеры, трагические судьбы. В то же время Махалина остро чувствует эстетику современности.
Впервые я увидела Махалину в 1987 году. Девочка танцевала так невозмутимо-царственно, что Клайв Барнс, известный американский балетный критик, назвал тогда Махалину «герцогиней на отдыхе». Махалина, по моему убеждению, остаётся лучшей исполнительницей таких различных, но масштабных ролей в классическом репертуаре, как Одетта-Одиллия, Никия в «Баядерке» (в этом балете я не знаю ей сегодня равных в мире), Раймонда, Жизель и Китри, не говоря уж о ролях неоклассического репертуара, таких, как Мехменэ-Бану в «Легенде о любви». Махалина, со своей пластичностью и драматизмом просто создана танцевать хореографию самых разных направлений и времён. Так, особое место в творческой судьбе Юлии занимает роль Брунгильды в гениальном балетном спектакле-эпосе Мориса Бежара «Кольцо вокруг кольца» («Кольцо Нибелунгов» на музыку Р.Вагнера).
Принимает участие в телевизионных шоу, концертных программах, например, в 2011 году выступала в проекте Первого канала «Болеро» в паре с фигуристомПовиласом Ванагасом (пара получила приз зрительских симпатий).
Дважды была замужем. Живёт с родителями в России в Санкт-Петербурге на набережной реки Мойки рядом с Юсуповским дворцом.
Фея*, Золушка, «Золушка» С. Прокофьева, хореография О. Виноградова (дебютировала в заглавной партии на гастролях Мариинского театра в США, Метрополитен-опера, Нью-Йорк)
Зобеида, «Шехеразада» на музыку Н. А. Римского-Корсакова, хореография М. Фокина, редакция А. Лиепы и И. Фокиной
2000 — «Электра» П. Кукоса, хореография Л. Вегетти — Электра — первая исполнительница, мировая премьера (Греция)
2003 — «Онегин» на музыку П. И. Чайковского, хореография Дж. Крэнко — Татьяна — гастроли в Токио (Япония)
2005 — «Весна священная» И. Стравинского, хореография Д. Бандурски — Фея — первая исполнительница, мировая премьера (Болгария)
2007 — «Мата Хари» на музыку разных композиторов, хореография В. Романовского — Мата Хари — первая исполнительница — театр «Мюзик-Холл» (Санкт-Петербург)
1995 — Высшая театральная премия Санкт-Петербурга «Золотой софит» за исполнение партии Никии в балете «Баядерка»
1998 — Первая премия Международного конкурса «Benois de la Danse» за исполнение партии Мехменэ-Бану в балете «Легенда о любви» в постановке Ю. Григоровича
1990 — «Лебединое озеро» П. И. Чайковского, хореография М. Петипа и Л. Иванова в редакции К. Сергеева, спектакль Мариинского театра, дирижёр Виктор Федотов — Одетта-Одиллия (Принц Зигфрид — Игорь Зеленский) (выпущен на DVD)
1992 — «Лебединое озеро» П. И. Чайковского, хореография М. Петипа и Л. Иванова в редакции К. Сергеева, спектакль Мариинского театра — Одетта-Одиллия (Принц Зигфрид — Андрис Лиепа) (транслировался по телевидению)
«Баядерка» Л. Минкуса, спектакль Мариинского театра — Никия
1991 — Гран-па из балета «Пахита» Л. Минкуса, хореография М. Петипа — Пахита (партнёр — Игорь Зеленский)