С 1995 года работал на кафедре истории Института молодёжи — Московской гуманитарно-социальной академии — Московского гуманитарного университета в качестве преподавателя, старшего преподавателя, доцента. В 2003 году присвоено ученое звание доцента.
В 2006 году в Московском гуманитарном университете защитил докторскую диссертацию «Предания о дописьменной эпохе в истории славянской культуры XI—XV вв.». В 2007 году назначен на должность профессора кафедры истории. С 2010 года — заведующий кафедрой истории МосГУ, с 2013 года также главный редактор журнала «Научные труды Московского гуманитарного университета». В 2012 году присвоено ученое звание профессора.
Автор более 350 научных, научно-популярных и учебных работ.
С 1997 года пишет статьи, посвящённые истории зарубежной фантастики. Рецензии на фантастическую литературу публиковались в журнале «Если» и др.
Общественная и научно-общественная деятельность
Председатель Правления Историко-Просветительского общества. Действительный член Международной академии наук (IAS). Член редколлегии рецензируемого научного журнала «Знание. Понимание. Умение». Член Ученого совета МосГУ и Диссертационного совета по историческим наукам при МосГУ.
Награды
Имеет ряд общественных наград, в том числе:
Золотая медаль им. Н. Н. Моисеева «За заслуги в образовании и науке» (2003).
Премия «Карамзинский крест» (2006).
Труды
Диссертации
Алексеев С. В. МосГУ, 2006.
Научные и научно-популярные монографии, публикации источников
Алексеев С. В., Александров Д. Н., Мельников С. А. Очерки по истории княжеской власти и соправительства на Руси IX—XV вв. М.: Мосты, 1995.
Алексеев С. В. Древние верования восточных славян. М. : Социум, 1996.
Начальная летопись. Пер. и комм. С. В. Алексеева. М. : ИПО, 1999.
Сага о Финнбоги Сильном / Ред. С. В. Алексеева. М. : ИПО, 2002. Тир. 1000 экз.
Алексеев С. В. История славян в V—VIII вв. Т. 1-2. М. : ИПО, 2002—2004.
Алексеев С. В. Славянская Европа V—VI вв. М. : Вече, 2005. Тир. 5000 экз. (2-е изд. — М. : Вече, 2008. Тир. 3000 экз.).
Алексеев С. В. Дописьменная эпоха в средневековой славянской литературе. М. : Московский городской университет управления, 2005.
Алексеев С. В. Ярослав Мудрый: Самовластец Киевской Руси. М. : Вече, 2006. Тир. 5000 экз.
Алексеев С. В. Предания о дописьменной эпохе в истории славянской культуры XI—XV вв. М. : Национальный институт бизнеса, 2006.
Алексеев С. В. Владимир Святой: Создатель русской цивилизации. М. : Вече, 2006. Тир. 3000 экз.
Алексеев С. В. Славянская Европа VII—VIII вв. М. : Вече, 2007. Тир. 3000 экз.
Алексеев С. В. Славянская Европа V—VIII вв. М. : Вече, 2009. Тир. 3000 экз.
Алексеев С. В., Инков А. А. Скифы: Исчезнувшие владыки степей. М. : Вече, 2010. Тир. 5000 экз.
Алексеев С. В. Великие князья русские. М. : Воздушный транспорт, 2012.
Алексеев С. В. Средневековые славянские предания о дописьменной эпохе: Избранные материалы. Saarbrücken: LAP, 2012.
Алексеев С. В. Дж. Р. Р. Толкин. М. : Вече, 2013. Тир. 3000 экз.
Алексеев С. В. Игорь Святославич. М. : Молодая гвардия, 2013. Тир. 4000 экз.
Основные научно-популярные издания
Алексеев С. В., Елисеев Г. А. Все религии мира. Энциклопедический справочник. М. : Вече, 2007. Тир. 3000 экз.
Россия в трудах великих историков. Т. 1-6. М. : Вече, 2009 (руководитель проекта: автор предисловия и составитель первых двух томов «Русь изначальная» и «Русь великая»). Тир. 5000 экз.
Алексеев С. В., Володихин Д. М., Экштут С. А. Россия: великие моменты истории. М. : Аванта+, 2009. Тир. 5000 экз.
Основные учебные издания
Хрестоматия по истории России (с древнейших времен до 1380 г.) / Сост. С. В. Алексеев. М. : Социум, 1998.
Алексеев С. В. История религии. М. : Московский гуманитарный университет, 2005.
Алексеев С. В. Религиозная ситуация современной Европы. М.: Московский гуманитарный университет, 2007.
Алексеев С. В. Всеобщая история. М. : Московский гуманитарный университет, 2008.
Алексеев С. В., Королев А. А. Новые религиозные движения. М. : Московский гуманитарный университет, 2004 (2-е изд. — М.: МосГУ, 2011).
Алексеев С. В., Володихин Д. М., Елисеев Г. А. Отечественная история. М. : Форум, 2006 (допущено Минобрнауки в качестве учебного пособия для СПО). Тир. 4000 экз.
Алексеев С. В. Религии мира: история и современность. М. : Воздушный транспорт, 2012.
Алексеев С. В. Всемирная история. М. : Московский гуманитарный университет, 2012.
Участие в соавторстве в других изданиях
Учебник «История России. 1945—2008. 11 класс». М. : Просвещение, 2009 (рекомендовано Минобрнауки для учащихся общеобразовательных учреждений).
«Энциклопедия для детей», издаваемая издательством «Аванта+» (в томах, выходивших с 1997 года — статьи, редактирование отдельных томов).
Кроме того, являлся ответственным редактором «Универсальной школьной энциклопедии» (М., 2003) и «Большой универсальной школьной энциклопедии» (М., 2006), изданных издательством «Аванта+».
Статьи и рецензии в рецензируемых научных журналах
Алексеев С. В. Не листья на ветру… О книге «Персональная история» // Диалог со временем. Альманах интеллектуальной истории. Вып. 5. М., 2001. С. 380—384.
Алексеев С. В. Рецензия на книгу: Богданов А. П. Московская публицистика последней четверти XVII века // Отечественная история. 2004. № 6. С. 158—160.
Алексеев С. В. Литературные и археологические источники о крещении Новгорода // Знание. Понимание. Умение. — 2005. — № 2. — С. 189–195.
Алексеев С. В. Древнерусские летописи о дописьменной эпохе // Преподавание истории в школе. 2005. № 10. С. 5-11.
Алексеев С. В. От предания к летописи: эволюция исторического сознания древних славян // Вопросы истории. 2006. № 1. С. 97-105.
Алексеев С. В. «Летопись попа Дуклянина»: структура древнеславянского родословного предания // Знание. Понимание. Умение. — 2006. — № 3. — С. 140–148.
Алексеев С. В. К реконструкции праславянской мифологии // Знание. Понимание. Умение. — 2011. — № 4. — С. 79–89.
Алексеев С. В. Новые «Деяния Екатерины»: портрет на фоне Империи // Знание. Понимание. Умение. — 2011. — № 3. — С. 324–325.
Алексеев С. В. Построение истории — построение общества // Знание. Понимание. Умение. — 2012. — № 1. — С. 308–310.
Алексеев С. В., Плотникова О. А. Мечты о Новом Иерусалиме. Христианское обоснование власти: Византия, Болгария, Русь // Родина. 2012. № 5. С. 51-52.
Алексеев С. В. Русский мир за океаном // Родина. 2012. № 8. С. 30.
Алексеев С. В. «Храбр и наряден муж». Опыт биографии боярина Х столетия // Родина. 2012. № 9. С. 93-95.