Бальберишкис возник в конце XV — начале XVI века. В 1520 году получил городские права (отменены в 1776 году). Во время нахождения в составе Российской империи с 1867 года Бальвержишки входили в Мариямпольский уездСувалкской губернии. В 1919 году Бальберишкис стал частью Литвы (с 1940 — Литовской ССР). В 1946 году Бальберишкис был передан в Пренайский уезд. В 1950 году Бальберишкис вошёл в Пренайский район Каунасской области. В 1953 году Каунасская область была упразднена и Пренайский район перешёл в прямое подчинение Литовской ССР. В 1958 году Бальберишкис получил статус посёлка городского типа. В 1992 году Бальберишкис был лишён статуса посёлка городского типа и стал местечком.