Клуб был основан в 1970 году как футбольная секция компании «Ямаха Моторс». В 1994 году под именем «Джубило Ивата» (порт.Júbilo — торжество, ликование) клуб вступил в профессиональную футбольную Джей-лигу.
«Джубило Ивата» стал лидером японского клубного футбола начиная с 1997 года, когда клуб возглавил бразилец Луис Фелипе Сколари. Три сезона подряд клуб праздновал чемпионство в Джей-лиге, стал обладателем Кубка чемпионов Азии (позднее Лига чемпионов АФК) и дважды играл в финале. В последние годы Джубило в основном занимает места в середине турнирной таблицы.
Основные соперники Джубило в Джей-лиге — «Симидзу С-Палс», «соседи» по префектуре Сидзуока.
