29 февраля 1968 г., по инициативе Центрального военно-медицинского управления МО СССР был образован Военно-медицинский факультет при Центральном ордена Ленина института усовершенствования врачей (ВМедФ при ЦОЛИУВ). Основной базой для ВМедФ при ЦОЛИУВ стал филиал Главного военного клинического госпиталя имени академика Н.Н. Бурденко – военный городок № 85 (г. Москва, ул. Большая Оленья, дом 8).

Учебный год начался 1 октября 1968 года.

Для обеспечения дальнейшего профессионального роста врачебных кадров с учетом высших ступеней российских и международных стандартов ВМедФ при РМАПО с 1 октября .  был преобразован в государственное образовательное учреждение послевузовского и дополнительного профессионального образования – Государственный институт усовершенствования врачей МО РФ (ГИУВ МО РФ).

На основании приказа Министра обороны Российской Федерации (2011г.) и указаний Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации Государственный институт усовершенствования врачей МО РФ был реорганизован и вошел в состав ФГБУ «Медицинский учебно-научный клинический центр имени П.В. Мандрыка» МО РФ в апреле 2012 г.

Распоряжением Правительства РФ от 2012 г. форма учреждения изменена на федеральное казённое учреждение.

Создание учебного заведения было вызвано к жизни объективно растущей потребностью повышения количества и качества последипломной подготовки врачей в системе МО СССР, необходимостью более эффективного использования научного потенциала военно-медицинских кадров г. Москвы, клинической базы госпиталей центрального подчинения, Московского военного округа и гражданских лечебно-профилактических учреждений г. Москвы.

Одновременно создавались  необходимые условия для сотрудничества, взаимного обогащения и здорового соревнования двух педагогических школ - Военно-медицинской академии и учебного заведения последипломной подготовки. В 1978 году был сдан в эксплуатацию административный корпус с общежитием и состоялся переезд института по адресу: ул. Малая Черкизовская,  дом 7.

В процессе создания, становления и последующего развития факультета, института как самостоятельного педагогического центра большую роль сыграли его руководители М.Е. Ястребов, Р.Р. Ибадулин, С.С. Фролов, Ю.У. Маньков, В.А. Мясников, Г.М. Петров, В.И. Хрупкин, в деятельности которых всегда присутствовали высокий профессионализм, соблюдение нравственных принципов преемственности, творческое развитие учреждения, повышение его научного потенциала.  Решение многих  организационных, научных, практических вопросов, совершенствования учебно-воспитательного  процесса, материально-технической базы определялось эффективной связью с руководством Центрального( ныне  Главного) военно-медицинского управления Министерства обороны. Большое внимание  в решении стоящих  перед учебным заведением сложных проблем уделяли генерал-полковник медицинской службы  Д.Д. Кувшинский, академик РАМН генерал-полковник медицинской службы Ф.И. Комаров, академик РАМН генерал-полковник медицинской службы Э.А. Нечаев, профессор генерал-полковник медицинской службы И.М. Чиж, генерал-лейтенанты медицинской  службы И.А. Юров, И.В. Синопальников,  И.Ю. Быков и  другие руководители  военно-медицинской службы.

В 1968 году с формированием Военно-медицинского факультета при Центральном институте усовершенствования врачей, он состоял наряду с управлением и  подразделениями обеспечения из четырех кафедр: терапии, организации и тактики медицинской  службы, хирургии, оружия массового поражения и защиты от него, отдельной дисциплины марксистско-ленинской  философии, а к 2002 году в институте действовало уже восемнадцать кафедр,

Педагогический коллектив наработал значительный опыт практической  работы по медицинскому  обеспечению войск и сил флота в мирное и военное время, в том числе в период боевых действий в Афганистане, Чечне, в ликвидации последствий и лечении пострадавших при аварии на Чернобыльской АЭС, землетрясении в Армении.

Чрезвычайно важным для обеспечения тесной связи системы усовершенствования врачебного состава  с конкретными задачами, решаемыми  военно-медицинской службой, стало привлечение к руководству кафедральными коллективами главных военно-медицинских специалистов  Министерства обороны.  Жизнь и практика подтвердили правильность такого шага.  Руководство кафедрами генерал-лейтенантов медицинской службы  Е.В. Гембицкого, К.М. Лисицына, генерал-полковника медицинской службы Э.А. Нечаева, генерал-майоров медицинской службы  В.Г. Ивашкина, П.Г. Брюсова, Н.А. Ефименко, А.Л. Ракова, П.И. Мельниченко в значительной  степени повлияло и подняло на новый  уровень развития учебную (учебно-методическую), научную, лечебную, организационную работу, в том числе весь комплекс идейно- воспитательной работы, культурной  жизни подразделений, в целом всего учебного заведения.

За годы деятельности факультета, института усилиями руководства и профессорско- преподавательского состава  была создана гибкая, оперативно-реагирующая  на запросы времени и ход научно-технического прогресса в медицине и военном  деле, система управления  содержанием учебного процесса. На кафедрах  разрабатывались и внедрялись модели   соответствующих специалистов, их профессиограммы, своевременно  вводились циклы  усовершенствования по кардиохирургии, трансуретральной  электрорезекции аденомы предстательной железы и опухолей мочевого пузыря, эндоскопической диагностике в хирургии, актуальных вопросов онкологии, лазерной терапии и хирургии, гематологии, нефрологии, геронтологии, медицинской реабилитации, военной радиологии с вопросами  радиационной безопасности на АЭС, военной токсикологии и безопасности на химических производствах, медицине катастроф и ряду других современных направлений клинической медицины и организации здравоохранения.

Предметом постоянной заботы руководства вуза и кафедр было создание собственной научно-педагогической школы. Этого требовала и сама идея проведения тематического усовершенствования. Организационно - штатная структура, в основном, соответствовала этой задаче. Профессорско-преподавательский  состав при формировании  учреждения был представлен опытными  педагогами и достаточно  квалифицированными  специалистами начальниками  кафедр были назначены профессора Гаврилов Олег Константинович, Полумисков  Юрий Михайлович, Дерябин Илья Иванович, доцент Бухаловский Игорь Николаевич , Зуев Николай Васильевич.  Вместе с тем, предполагалось, что в дальнейшем зрелые кадры будут дополняться перспективными   молодыми специалистами. Следуя этой  установке, такие авторитетные педагоги как профессора Е.В. Ермаков, И.В. Воронцов, К.Г. Табатадзе, Ю.Г. Шапошников и другие начинали  свою деятельность в вузе в звании капитана или майора медицинской службы. И впоследствии такими же молодыми  офицерами на стезю педагогической и клинической деятельности стали нынешние профессора В.Г. Новоженов, А.И. Елькин,  А.М. Щегольков,  Н.М. Коломоец,  А.И. Синопальников, А.Н, Курицын, С.А. Белков.

Основополагающим фактором решения этой задачи было и создание собственной адьюнктуры, клинической ординатуры. Именно с этого момента учебное заведение получило возможность не только осуществлять новую пробу сил в достижении более высокого уровня подготовки врачебного состава Вооруженных Сил, но и действенно заботиться о своем научно-педагогическом потенциале. В полном смысле оправдали  надежды своих учителей и стали  впоследствии опытными преподавателями выпускники адьюнктуры доценты Б.В. Бобий,  Ю.В. Григорьев,  А.Л. Сухоруков,  В.Н. Давыдов, М.А. Белоногов, А.Л. Щелоков, В.В. Быстров, профессора  В.Г. Белых, А.Г. Чепелев  и др. Успешному профессиональному росту молодых преподавателей способствовала как  их личная одаренность и целеустремленность, так и высокая нравственная атмосфера характерная для коллектива учреждения. Создание обстановки взаимной требовательности и дружелюбия старших и младших педагогов стало прочным фундаментом научно-педагогической  школы, отличительными чертами которой утвердились склонность к новаторству, высокий профессионализм, смелость научного поиска, преемственность и развитие лучших традиций.  Не менее важной  вехой исторического пути учреждения, по решению  высшего аттестационного комитета Российской Федерации, стало образование в 1993 году специализированных диссертационных советов по терапии, хирургии и организации здравоохранения.

В настоящее время институт осуществляет свою деятельность в составе ФКУ «Медицинский учебно-научный клинический центр имени П.В. Мандрыка» МО РФ.

По состоянию на 2014 год в штате института имеются восемь кафедр.

Кафедра организации и тактики медицинской службы, общественного здоровья и организации здравоохранения. Начальник кафедры полковник медицинской службы, к.м.н., доцент Булатов Марат Равкатович

Кафедра военно-полевой (военно-морской) хирургии. Начальник кафедры полковник медицинской службы, д.м.н., Асташов Владимир Леонидович

Кафедра хирургии усовершенствования врачей.

Начальник кафедры член-корр. РАМН, профессор Ефименко Николай Алексеевич.

Кафедра военно-полевой (военно-морской) терапии. Начальник кафедры полковник медицинской службы, д.м.н.,  Овчинников Юрий Викторович.

Кафедра терапии усовершенствования врачей. Начальник кафедры, д.м.н., профессор Симоненко Владимир Борисович.

Кафедра амбулаторно-поликлинической помощи. Начальник кафедры, д.м.н., профессор Фисун Александр Яковлевич.

Кафедра восстановительного лечения. Начальник кафедры, д.м.н., профессор Щегольков Александр Михайлович.

Кафедра медико-профилактических дисциплин. Начальник кафедры, д.м.н., профессор Мельниченко Павел Иванович.

В настоящее время клиническими базами института являются непосредственно МУНКЦ им. П.В. Мандрыка со своими филиалами, также Городская клиническая больница №29, ГВКГ им. акад. Н.Н. Бурденко с филиалом №1, 3-й ЦВКГ им. А.А. Вишневского и его филиалы №2 и №6.

Сложившаяся к настоящему времени в Институте усовершенствования врачей МУНКЦ МО РФ система послевузовской подготовки хирургов подчинена единой цели – подготовке высококвалифицированных военных специалистов, способных решать сложные задачи на уровне современных возможностей медицины и все возрастающих требований к качеству медицинской помощи как в мирных условиях, так и на поле боя.