Основная статья: парафилия

Парафилетическими в биологической систематике называют группы, охватывающие часть (но не всех) известных потомков наиболее близкого общего предка. Как правило, они формируются «по остаточному принципу» после выделения монофилетических групп. С 1970-х гг. парафилетические группы по мере обнаружения исключают из классификации. Вместе с тем, некоторые традиционно выделяемые парафилетические группы настолько привычны (например, рыбы или рептилии), что неспециалисты продолжают признавать их. Эта категория создана специально для таких популярных парафилетических групп.