Морская комиссия — название, применяемое в литературе к ряду специальных коллегиальных органов Российской империи, созданных для проведения реформ Военно-морского флота:

• Воинская морская комиссия — специальный временный орган, учрежденный 22 января (2 февраля) 1732 года императрицей Анной Иоанновной.
• Комиссия о Российских флотах — специальный временный орган, учрежденный 16 (27) февраля 1762 года императором Петром III.
• Морская Российских флотов и Адмиралтейского правления комиссия — специальный временный орган, учрежденный 17 (28) ноября 1763 года императрицей Екатериной II.
• Комитет для приведения флота в лучшее состояние — специальный временный орган, учрежденный в 1802 году императором Александром I.