Неравновесное cцепление генов (англ. linkage disequilibrium) — неслучайное распределение частот аллелей разных локусов, которое может быть обусловлено не только тесным генетическим сцеплением генов, но и наличием адаптивного преимущества конкретной комбинации аллелей, частота которой соответственно возрастает в сравнении с частотой, ожидаемой при случайном распределении.

Программы для вычисления LD

• LiAn - Linkage Analysis 3.5 (sIa) (online)
• Arlequin 3.11 (p-values, D, D', r², χ²) (Windows)
• LinkDos on the Web (Δ, D, D') (online)
• MultiLocus 1.3b (Ia, rd) (Windows, MacOS)
• LDA - Linkage Disequilibrium Analyzer 1.0 (D', r², χ²) (Java, Windows, MacOS)
• MIDAS - Multiallelic Interallelic Disequilibrium Analysis Software 1.0 (Python, Windows, Linux)

Визуализация

• JLIN - Java based Linkage Disequilibrium plotter 1.6.0 (Java)
• GOLD - Graphical Overview of Linkage Disequilibrium (Windows)

Ссылки

• Mueller J.C. Linkage disequilibrium for different scales and applications. Brief Bioinform. 2004, 5:355-364.
• A Compilation of Some Available Software for Linkage Disequilibrium Analysis