Мицелий отсутствует. Клетки грибов тонкостенные, неправильной формы, с одним ядром. У клеток имеются ответвления, проникающие в клетки лёгких поражённых животных. Иногда клетки становятся толстостенными и приобретают яйцевидную форму (возможно, превращаясь в аски), образуют 4—8 более мелких сначала шаровидных, затем серповидных клеток (возможно, аскоспор).
Систематика
Ранее род Pneumocystis относили к протистам, однако позднее было показано, что пневмоцисты — примитивные грибы-аскомицеты, входящие в подотдел Taphrinomycotina. Кроме пневмоцист, паразитирующих на лёгких млекопитающих, в этот надкласс также включены делящиеся дрожжи, паразиты высших растений тафриномицеты и сожительствующие с различными деревьями неолектовые.