1951 г. Основание Башкирского филиала АН СССР (БФ АН СССР). В составе: Институт Биологии, Институт Истории, Языка и Литературы, Горно-Геологический Институт, сектор экономических исследований и сектор химии.
1961—1963 г. В ходе реорганизации АН СССР большинство учреждений БФ АН СССР переданы в Государственный комитет по науке и технике СССР.
1967 г. БФ АН СССР восстановлен. В составе: Институт Геологии, Институт Химии, Институт Биологии, Институт Истории, Языка и Литературы, отдел биохимии и цитохимии, отдел экономических исследований.
1987 г. БФ АН СССР преобразован в Башкирский научный центр в составе Уральского отделения АН СССР.
1992 г. Уфимский научный центр РАН выделен как самостоятельный региональный научный центр.
Основные подразделения
Ботанический сад-институт Уфимского научного центра РАН
Институт биологии Уфимского научного центра РАН
Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН
Институт геологии Уфимского научного центра РАН
Институт истории, языка и литературы Уфимского научного центра РАН
Институт математики с вычислительным центром Уфимского научного центра РАН
В УНЦ работали известные ученые: К.З.Ахмеров, Г.В.Вахрушев, В.К.Гирфанов, В.Г.Конарев, А.Ф.Леонтьев, Р.Д.Оболенцев, А.И.Олли, С.Р.Рафиков, Х.Я.Тахаев, К.Р.Тимергазин, А.И.Харисов и др.